Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi (STIE) Muhammadiyah Sidoarjo berdiri pada tahun 1984, dengan membuka Program Studi Manajemen. Sebagai antisipasi kebutuhan pendidikan dan perkembangan dunia usaha serta letak Sidoarjo sebagai kota industri maka pada tahun 1994 dibukalah Program Studi Akuntansi. Pendirian Program Studi Akuntansi ini berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia, Tahun 1994, Nomor: 089/D/O/1994. Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi merupakan bagian dari sekolah tinggi yang ada di bawah naungan Badan Penyelenggara Pendidikan Tinggi Muhammadiyah Sidoarjo (BPPTMS). Sekolah tinggi–sekolah tinggi yang ada ini kemudian bergabung menjadi Universitas Muhammadiyah Sidoarjo pada tahun 2000 dengan SK MENDIKNAS, No.241/D/0/2000. Dengan keluarnya SK MENDIKNAS tersebut, Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi menjadi Fakultas Ekonomi Universitas Muhammadiyah Sidoarjo.
